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防止双孢蘑菇菌种的降解，可以增加产量，减少病虫害的发生和发展，减少农药的用量。它是生产有机双孢蘑菇的基础。菌种在室温下保存时间不宜超过半个月。
2、正确掌握培养基中菌的时间和温度，防止破坏营养物质，酸碱度要合适。
3、培养基要经常更换，如麦秸或稻草、鸡粪、棉籽壳、麦麸等培养基材料要交替使用。
4、原种不要一次用完，分批服用，其余低温保存，防止传代过多。
5、每年选个体大、生长正常、无病虫害的子实体进行组织分离，择优剔除劣质子实体，扩大接种生长。
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